Παναγιώτα Ποϊράζη, PhD

Ερευνήτρια Β, ΙΜΒΒ-ΙΤΕ

Email: poirazi@imbb.forth.gr

Ιστοσελίδα εργαστηρίου: http://www.imbb.forth.gr/people/poirazi/index.html

 

Ερευνητικά Ενδιαφέροντα

Τα ερευνητικά μου ενδιαφέροντα ανήκουν στο χώρο της υπολογιστικής βιολογίας και εστιάζονται στην ανάπτυξη και εφαρμογή υπολογιστικών μεθόδων για την διερεύνηση προβλημάτων που αφορούν στην λειτουργία νευρικών και γενετικών μηχανισμών. Στο εργαστήριό μου αναπτύσσουμε υπολογιστικές μεθόδους και εργαλέια με σκοπό (α) την ανάλυση μεγάλου όγκου δεδομένων γονιδιακής έκφρασης που σχετίζονται με καρκίνο με στόχο τον εντοπισμό γονιδιακών δεικτών και υποκατηγοριών της ασθένειας (β) τον εντοπισμό ρυθμιστικών μορίων όπως τα miRNAs και πιθανών στόχων τους στο γονιδίωμα φυτών και θηλαστικών, (γ) την ανάπτυξη θεωρητικών μοντέλων ρυθμιστικών γονιδιακών δικτύων και (δ) τη μοντελοποίηση νευρικών κυττάρων και δικτύων κάτω από κανονικές και παθολογικές συνθήκες με στόχο τη συσχέτιση της ικανότητας μνήμης και μάθησης με τις βιοφυσικές και μορφολογικές ιδιότητες του νευρικού ιστού. Οι μεθολογικές μας προσεγγίσεις περιλαμβάνουν (α) νέους αλγορίθμους ομαδοποίησης και εξαγωγής χαρακτηριστικών, (β) αλγορίθμους μηχανιικής μάθησης όπως τα Τεχνητά Νευρωνικά Δίκτυα και τα Κρυφά Μαρκοβιανά μοντέλα, (γ) λεπτομερή διαμερισματοποιημένα και/ή απλοποιημένα μοντέλα νευρικών κυττάρων και δικτύων και (δ) θεωρητική ανάλυση και αφαιρετικλη μαθηματική μοντελοποίηση.

Επιλεγμένες Δημοσιεύσεις

1.                  Shilyansky, C, Karlsgodt, KH, Cummings, D, Sidiropoulou, K, Hardt, M, James, AS, Ehninger, D, Bearden, CE, Poirazi, P, Jentsch, D, Cannon, TD, Levine, MS, Silva, AJ. (2010) Increased corticostriatal inhibition underlies working memory deficits in Neurofibromatosis type I. Proc Natl Acad Sci USA 107: 13141-6.

2.                  Zhou Y, Won J, Karlsson MG, Zhou M, Rogerson T, Balaji J, Neve R, Poirazi P, Silva AJ. (2009) CREB regulates excitability and the allocation of memory to subsets of neurons in the amygdala. Nature Neuroscience 12: 1438-43.

3.                  Oulas, A. Boutla, A. Gkirtzou, K. Reczko, M. Kalantidis, K. and Poirazi, P. (2009) Prediction of novel microRNA genes in cancer associated genomic regions: a combined computational and experimental approach. Nucleic Acid Research 7: 3276-3287.

4.                  Petalidis, L.P., Oulas, A.,Wayland, M.T., Liu, L., Plant, K., Happerfield, L., Renault-Mihara, F., Freeman, T.C., Poirazi, P., & Collins, P.V. (2008) Grading of human astrocytic brain tumours by artificial neural network analysis of gene expression microarray data. Mol Cancer Ther. 7: 1013-24.

Poirazi, P. Brannon, T. & Mel, B.W. (2003) Pyramidal Neuron as 2-Layer Neural Network. Neuron/37: 989-999.